Menkaure là con trai của vua Khafra và còn là cháu nội của vua Khufu. Một con dao đá được tìm thấy tại ngôi đền tang lễ của Menkaure đã đề cập đến một người mẹ của nhà vua có tên là Khamerernebty I, điều này cho thấy rằng Khafra và vị nữ hoàng này chính là cha mẹ của vua Menkaure. Menkaure được cho là đã có ít nhất hai người vợ.

• Nữ hoàng Khamerernebty II là con gái của Khamerernebti I và cũng là người mẹ của con trai đức vua Khuenre. Vị trí lăng mộ của Khuenre cho thấy rằng ông ta là con trai của Menkaure, chính vì vậy người mẹ của ông ta chính là vợ của nhà vua.[2][3]
• Nữ hoàng Rekhetre được biết đến là con gái của Khafra và vì thế, danh tính phu quân của bà nhiều khả năng chính là Menkaure.[2]

Không có nhiều người con của Menkaure được xác định chính xác:

• Khuenre là con trai của nữ hoàng Khamerernebti II. Người con trai cả này của Menkaure đã không kế vị ông bởi vì vị hoàng tử này đã mất sớm, thay vào đó ông được kế vị bởi Shepseskaf, một người con trai khác.[4]
• Shepseskaf là vị vua đã kế vị Menkaure và có thể là con trai của ông.
• Sekhemre được biết nhờ vào một bức tượng và có thể là một người con trai khác của Menkaure.
• Một người con gái đã qua đời khi mới ở độ tuổi thiếu niên và được Herodotus nhắc đến. Bà đã được chôn cất trong một căn phòng được trang hoàng nguy nga tại một cung điện ở Sais, và trong một quan tài rỗng bằng gỗ được bọc vàng với hình dạng của một con bò đang quỳ, nó được che phủ bên ngoài bằng một lớp trang trí màu đỏ ngoại trừ khu vực cổ và sừng của nó được bao phủ bởi đầy những lớp vàng[5].
• Khentkaus I - có thể là con gái của Menkaure[6].

Một vài người anh em của Menkaure đã phụng sự trong triều đình của ông. Những người anh em của ông như Nebemakhet, Duaenre, Nikaure và Iunmin đã giữ chức vụ tể tướng dưới triều đại của ông. Một người em trai của ông, Sekhemkare, có thể đã trở thành tể tướng sau khi Menkaure qua đời[7].